Varje förvaltning och kontor hör till en politisk nämnd. I förvaltningarna arbetar anställda tjänstemän, de är inte är politiskt tillsatta. Förvaltningscheferna är ansvariga inför respektive nämnd.

Tjänstemännen utreder olika ärenden och ser till att kommunstyrelsens kommunfullmäktiges och nämndernas beslut blir genomförda.

Kommunstyrelsens förvaltning är sekretariat åt kommunfullmäktige och kommunstyrelsen. Till förvaltningen hör kommunledningskontoret, ekonomiavdelningen, it-avdelningen, tillväxtkontoret, medborgarservice och personalavdelningen. Kommundirektör och är Dag Segrell.

Miljökontoret och Räddningstjänsten är gemensamma för Mjölby och Boxholms kommuner.